O sulfato de condroitina é uma molécula de cadeia longa com uma carga negativa associada a ele. À medida que estas cadeias se enrolam ao redor dos proteoglicanos, eles se repelem uns aos outros e criam, assim, espaços entre cada proteoglicano. Estas são conhecidas como matrizes dentro da cartilagem, por onde o fluido flui. Além de acumularem fluido precioso, a condroitina protege a cartilagem, previne que se rompa e inibe que algumas enzimas que 'comem' cartilagens interfiram com o metabolismo de outras enzimas que removerão o fluido da cartilagem.
